2009年2月，穆勒得到了一份為期2年、截止到2011年的新合同。2009年夏天只有19歲的穆勒被提拔上拜仁一隊，成為了一線隊的正式一員，并深得范加爾重用。從一開始，穆勒就被定位為克洛澤、戈麥斯、托尼和奧利奇之后的拜仁第五前鋒。穆勒的表現不能用固有的標準來衡量，他能創造什么未來誰也無法預測。
在2010年南非世界杯中，穆勒出場6次貢獻5粒進球3次助攻，隨隊獲得季軍，榮膺世界杯金靴獎、世界杯最佳新秀。2013年3月31日，2012-13賽季德甲第27輪，拜仁9：2大勝漢堡，穆勒在漢堡隊禁區上演了一幕“狗刨式”突破法，連滾帶爬地晃過了漢堡隊兩名防守球員。這個賽季穆勒幫助球隊奪得德甲、德國杯、歐冠冠軍，這是拜仁慕尼黑首度加冕三冠王。
2013-14賽季德甲聯賽中，穆勒出場29次，打進13粒進球，貢獻10次助攻，幫助拜仁慕尼黑衛冕德甲冠軍。在德國杯中，穆勒出場6次，打進8球，幫助拜仁慕尼黑奪取德國杯冠軍，并奪取德國杯金靴。在24歲的年紀已經成為國家隊主力前鋒、世界杯冠軍得主，穆勒是絕對的人生贏家。對于很多90后甚至00后球迷，穆勒的發跡和成長軌跡被完全見證，這樣一位“特別”的球員令人刮目相看，我們喜歡他的天真、無拘無束和認真精神
2015年12月18日，德甲豪門拜仁慕尼黑宣布與穆勒續約至2021年。據德國媒體報道稱穆勒的薪水將漲到1350萬歐元，是拜仁隊內工資最高的球員之一。2019-20賽季歐洲冠軍聯賽決賽，穆勒首發打滿全場，最終拜仁慕尼黑1：0戰勝巴黎圣日耳曼，捧得第六座大耳朵杯，這也是穆勒個人獲得的第二座大耳朵杯。
2019-20賽季，穆勒隨隊奪得德甲、德國杯、歐冠三座冠軍，這也是他第2次隨隊獲得三冠王。
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